拜仁慕尼黑与帕纳辛奈科斯的历史交锋始于1996-1997赛季欧洲冠军联赛小组赛阶段。两队共交手4次，其中3次在欧洲冠军联赛，1次在欧洲联盟杯。

第一次交锋是在1996-1997赛季欧洲冠军联赛小组赛，地点为希腊雅典的奥林匹克体育场，拜仁以2比1获胜。比赛中，拜仁采用了4-2-3-1阵型，库伊特和萨默尔是主要攻击点，中场则由施魏因施泰格和巴拉克搭档。帕纳辛奈科斯则使用了4-4-2阵型，但进攻乏力。

第二次交锋是在同年欧洲冠军联赛的第二轮淘汰赛中，比赛地点为慕尼黑的安联球场，拜仁以3比0轻松取胜。这场比赛中，拜仁继续使用4-2-3-1阵型，里贝里、罗本和绍尔分别在左翼、右翼和前腰位置活跃，而帕纳辛奈科斯则采用4-4-2阵型，但未能形成有效威胁。

第三次交锋是在1998-1999赛季欧洲冠军联赛小组赛，地点为雅典的奥林匹克体育场，拜仁再次以3比0获胜。此役，拜仁依旧采用4-2-3-1阵型，皮萨罗、绍尔和罗本是进攻核心，中场由哈曼和巴拉克组成双后腰。帕纳辛奈科斯使用了4-4-2阵型，但防守漏洞明显。

最后一次交锋是在2004-2005赛季欧洲联盟杯半决赛，地点为慕尼黑的安联球场，最终拜仁以2比0胜出。在这场比赛中，拜仁改用4-3-3阵型，克洛泽、绍尔和里贝里在前场形成三叉戟，中场则由哈格里夫斯、哈曼和施魏因施泰格三人搭档。帕纳辛奈科斯则采用4-4-2阵型，但进攻组织不力，未能形成有效攻势。

在这四场比赛中，拜仁均取得了胜利，总比分达到了10比3。帕纳辛奈科斯虽然在主场表现尚可，但在客场始终无法给拜仁制造实质性威胁。拜仁的战术安排始终围绕着控球和快速反击展开，而帕纳辛奈科斯则更多依赖于定位球机会。